Mario & Luigi: Brothership viib mängijad seiklema meredele ja saartele koos kuulsa vendade paariga. Mario ja Luigi alustavad uut reisi Shipshape Islandilt, osa laeva, osa saart, ning avastavad Concordia laia maailma. Seikle läbi troopiliste vihmametsade ja sagivate linnade, kohtudes uute sõpradega nagu Connie ja Snoutlet (kes pole kindlasti siga!) ning tuttavate tegelastega nagu Peach ja Bowser, kes võivad olla abiks või takistuseks.